Í norðurhluta landsins hafa fundizt axir frá steinöld.  Kynþættir bobo-, lobi- og gurunsifólksins voru líklega fyrstu íbúar þessa svæðis.  Á 15. öld komu stríðsmenn á hestum úr suðri og réðust á  konungsríkin Gurma og Mossi.  Mörg mismunandi stór konungsríki þróuðust í Mossi.  Hið voldugasta var Ouagadougou á miðju svæðinu.  Því stjórnaði keisari, morho naba (mikli höfðingi).  Það sigraði innrásarheri nágrannaríkja múslima (songhai og Fulani) og hélt uppi arðvænlegum viðskiptasamböndum við öflug verzlunarveldi í Vestur-Afríku (dyula, hausa og asanti).

Landkönnun Evrópumanna og nýlenduvæðing.  Þýzki landkönnuðurinn Gottlob Adolf Krause ferðaðist um Mossi árið 1886 og franski herforinginn Louis-Gustave Binger heimsótti morho naba árið 1888.  Frakkar gerðu Yatenga að verndarsvæði árið 1895 og Paul Voulet og Charles-Paul-Louis Chanoine sigraði keisarann Boukani-Koutou (Wobogo) árið 1896 og hélt áfram herförinni inn í lönd gurunsi-manna.  Gurma féllst á að verða verndarsvæði 1897 og sama ár innlimuðu Frakkar lönd bobo- og lobi-manna.  Lobo-menn héldu skæruhernaði áfram gegn þeim með eitruðum örvum til ársins 1903.  Á Ensk-frönsku ráðstefnunni 1898 voru mörkin milli yfirráðasvæða Frakka og Breta ákveðin.

Frakkar skiptu yfirráðasvæði sínu í stjórnsýslueiningar en létu höfðingjana og keisarann halda stöðum sínum.  Í fyrstu var nýlendan annexía Súdan (Efra-Senegal-Niger 1904-20) en varð síðan sérnýlenda, Efra-Volta (Haute-Volta) 1919.  Árið 1932 var henni skipt milli Fílabeinsstrandarinnar, Niger og Franska-Súdan.  Árið 1947 var Efra-Volta endurreist sem utanlandshérað með eigið þing, sem fékk réttindi til að kjósa framkvæmdaráð.  Í lok árs 1958 varð Burkina Faso heimastjórnarsvæði með eigið þing og stjórn.  Þegar landið fékk sjálfstæði 5. ágúst 1960, kvað stjórnarskrá þess á um forseta með framkvæmdavald, sem skyldi kosinn í almennum kosningum til fimm ára, og kjörið löggjafarþing.

Eftir að landið fékk sjálfstæði hefur herinn orðið að hafa afskipti af innanlandsmálum.  Árið 1966 setti herinn undir stjórn Sangoulé Lamizana, liðsforingja (síðar hershöfðingi), löglega kosna stjórn Maurice Yaméogo af.  Lamizana hershöfðingi sat að völdum fram í nóvember 1980, þegar verkamenn, kennarar og opinberir starfsmenn efndu til fjölda verkfalla, sem leiddu til hallarbyltingar Save Zebo ofursta.  Stjórn hans var skammvinn (til nóvember 1982), því liðsforingjar gerðu uppreisn gegn honum og gerðu Jean-Baptiste Ouedraogo, majór, að forseta.  Stjórn hans klofnaði fljótlega í íhaldsama og róttæka arma og róttæklingar hrifsuðu til sín völdin 4. ágúst 1983.  Þeir komu á fót byltingarráði (CNR) með og gerðu Thomas Sankara, höfuðsmann, að forseta.  

Ári eftir valdatökuna skírði Sankara landið Burkina Faso (Land hinnar óspilltu þjóðar) og skipaði embættismönnum að opna bankareikninga, sem almenningur gæti fylgst með.  Stjórn hans þraukaði til 1987 og tókst að láta margt gott af sér leiða, s.s. bólusetningar, félagslegt íbúðakerfi, gróðursetningu trjáa til að hindra landeyðingu (Sahel), aukin kvenréttindi og takmörkun sóunar almannafjár.  Í valdatíð hans jukust deilur við Mali vegna auðæfa í jörðu á Agacher-ræmunni og þar var barizt við landamærin um skamma hríð í desember 1985.

Stjórn Sankara tapaði smám saman fylgi og völdin færðust til nokkurra herforingja (Sankara, Blaise Compaaoré, höfuðsmaður, Jean-Baptiste Boukari Lingani, majór, og Henri Zongo, höfuðsmaður).  Borgarbúar mótmæltu slæmum lífskjörum og hluti bænda illa grunduðum framfaraáætlunum.  Vinstri menn sökuðu stjórnina um undanlátsemi við heimsvaldasinna til að tryggja landinu erlenda fjárhagsaðstoð.  Þrátt fyrir stirð samskipti BNA og Burkina Faso vegna náins sambands Sankara og Muammar al-Qaddafi, Líbýjuforseta, voru Bandaríkjamenn orðnir mestu styrkveitendur landsins í lok valdaferils Sankara.  Stuðingur almennings og hersins við stjórnina, þar til herinn velti henni úr sessi 15. október 1987 og tók Sankara og átta aðra af lífi.

Compaoré tók við völdum ásamt Zongo, höfuðsmanni, og Lingani, majór.  Þeir kölluðu sig Þjóðarfrontinn og lofuðu að uppfylla upprunaleg byltingarloforð Sankara.  Þeir lögðu sig fram um að gera landsmenn sjálfum sér nóga í framleiðslu matvæla og bættu samskipti við íhaldsamari nágrannaríki, einkum Tógó og Fílabeinsströndina.  Vináttusamband hélzt við Líbýju.