Landslag Djibouti er fjölbreytt og fullt andstæðna, allt frá hrjúfum fjöllum í norðri til fjölda lágra eyðimarka með samsíða hásléttum á milli í vestri og suðri.  Hæsti tindur landsins er Mousa-fjall (2063m) og lægsti staðurinn er botn ísalta stöðuvatnsins, sem er 157 m neðan sjávarmáls (lægsti staður allrar álfunnar).  Landið er á mótum Afríku- og Arabíuflekanna og því á virku hreyfingabelti.  Smáir skjálftar eru algengir og víða eru bleðlar blágrýtirhrauna frá fyrri eldgosum.

Úrkoma er sjaldgæf og flóran fábreytt.  Engar ár með sírennsli eru í landinu.  Svalasti tíminn er frá október til apríl.  Þá er mesti dagshiti í Djibouti-borg í kringum 31°C.  Þegar heitast er, má búast við 37°C á daginn.   Hiti og rakastig lækka miðsumars, þegar þurrir khamsin-vindarnir blása frá eyðimörkunum inni í landi.

Meðal villtra dýra í landinu eru antilópur, gasellur, hýenur, sjakalar og strútar.  Fyrir ströndinni er fjölbreytt sædýrafána (túnfiskur, barrakúda og grúper).

Segja má, að Djibouti sé borgríki, þar sem rúmlega tveir þriðjungar íbúanna búa í höfuðborginni og nágrenni hennar.  Aðrir bæir eru verzlunar- og markaðsstaðir, þar sem íbúum fjölgar árstíðabundið, þegar úlfaldalestir og sauðfjár- og geitahirðingjar heimsækja þá.