Mestur hluti Súdan er lág- og hásléttur, sem eru vatnasvið þveráa og upptakakvísla Nílarfljóts.  Vatnakerfi þess liggur frá suðri til norðurs eftir endilöngum miðausturhluta landsins.  Vestan þessar mikla flatlendis eru Vatnaskilin Níl-Kongó og Dafur-hálendið og að austanverðu er Eþíópska hásléttan og Rauðahafshæðirnar.  Norðantil er grýtt slétta, sem er hluti af Sahara.  Vestur-Qawz er sandöldusvæði, sem verður grýttara er norðar dregur.  Mið- og suðurhlutarnir eru leirsléttur með geysistóru fenjasvæði, As-Sudd, í miðju.

Mestur hluti Norður-Súdan er sand- eða malarslétta prýdd flötum sandsteinsklettum og stökum og bröttum graníthæðum.  Mið-Súdan einkennist af stökum hæðum á sléttunum, þar sem þéttasti Kjarni þeirra myndar Nuba-fjöll (Jibal An-Nubah).  Vestursléttan er aðallega úr sandsteini, sem myndar giljótt hásléttusvæði með flötum hæðum.  Eldbrunnin Marra-fjöllin rísa upp úr Darfur-hásléttunni lengra til vesturs í allt að 900 til 3000 m hæð yfir sjó.  Þessi fjöll mynda Nílar-Kongó vatnaskilin og vesturmörk miðsléttunnar.

Rauðahafshæðasvæðið í norðausturhlutanum er umturnað vegna jarðskorpuhreyfinga.  Jaðar misgengisins snýr að Rauðahafinu og myndar klasa ójafnra hæða, sem er sundur skorinn af vatnsrásum.  Jaðarinn gnæfir yfir strandsléttunni, sem er 16-40 km breið og þakin sandöldum og kóralrifjum.  Sunnar er eystra hálendið, sem er aðdragandi Eþíópska hálendisbálksins.

Suður-Súdan skiptist í tvö ólík hálendissvæði.  Járnsteinshásléttan er milli Nílar-Kongó vatnaskilanna og suðurleirsléttunnar.  Á þessu flatlendi standa stakar, flatar hæðir.  Við landamærin að Úganda eru þéttir fjallgarðar, sem rísa upp í rúmlega 3000 m hæð.  Í Imatongfjöllum er Kinvetifjall (3168m), hæsta fjall landsins.

Vatnakerfi Nílar er ráðandi þáttur í landslagi Súdan, þar eð allar ár renna til fljótsins.  Hvíta-Níl (Bahr Al-Abyad) ber nafnið Fjalla-Níl (Bahr Al-Jabal), þar sem hún rennur yfir landamærin að Úgangda úr suðri um flúðirnar við Nimule.  Eftir að Bahr Al-Ghazal sameinast henni úr vestri heitir hún Hvíta-Níl.  Nokkru sunnar bætist verulegt vatnsmagn Sobotárinnar við úr austri.  Hún á upptök á Eþíópsku hásléttunni og sameinast Hvítu-Níl nærri Malakal.  Stór hluti alls þessa vatns hverfur á fenjasvæðum eins og As-Sudd á norðurleiðinni að Khartoum.  Áin rennur í hallalitlu landslagi alla leið að ármótunum við Bláu-Níl (Bahr Al-Azrag) við Khartoum.  Bláa-Níl kemur líka upp á Eþíópsku hásléttunni.  Neðan ármótanna fellur fljótið í stórri bugðu til norðurs og heitir Níl (Nahr An-Nil) alla leið til sjávar.

Víðast um landið ná ár og lækir ekki að renna alla leið til Nílarkerfisins.  Árnar í suðvesturhlutanum ná sjaldnast til Bahr Al-Ghazal-vatnakerfisins og norðar myndast árstíðabundnir árfarvegir í hæðunum en vatnið hverfur á sléttunum í kring.  Yfirborð eyðimarkanna í norður- og norðausturhlutunum er annaðhvort ber klöpp, ógróin uppblásturssvæði eða farandsandöldur (ergs).  Hálfeyðimerkur miðnorðurhlutans eru þaktar lítið eitt umbreyttum hálfgildingsjarðvegi.  Qawz-svæðið er þakið lítt frjósömum, brúnrauðum jarðvegi.  Árset er að finna á óshólmasvæðunum Al-Qash og Barakahánna meðfram Hvítu- og Bláu-Níl og söndum fjölda lækja út frá Marrafjöllum.

Á mið- og suðursléttunum er súr leirjarðvegur.  Jarðvegur Gezirasléttunnar (Al-Jazirah) sunnan Khartoum er þykkur og sprunginn leir, sem hefur sezt til í flóðum Bláu-Nílar, en leirinn í As-Sudd settist á uppistöðusvæðum.

Í nyrztu hlutum Súdan ríkja norðanvindar mestan hluta árs og úrkoma er sjaldgæf.  Sunnan þessa svæðis eru breytileg mörk norður- og suðurhreyfinga raka loftsins að sunnan og þurru norðanvindanna.  Á veturna blása þeir suður að skilunum, sem ná stundum suður að hvarfbaug.  Þessir vindar eru tiltölulega svalir og þurrir.  Í apríl fara skilin að hreyfast til norðurs og raka sunnanloftið frá Suður-Atlantshafi sækir á.  Þessar árstíðabundnu sveiflur valda regntíma í suðurhlutanum, mislöngum eftir breiddarbaugum.

Súdan er heitt land, þar eð hitinn lækkar lítið með hæð yfir sjó.  Mestur er hitinn í miðhlutanum.  Í Khartoum er meðalhitinn 38°C alla mánuði ársins.  Hitinn verður mestur rétt á undan regntímanum.  Úrkoman er mismunandi, allt frá því að vera lítil sem engin í norðurhlutanum í 1200 mm allrasyðst.  Meðfram Rauðahafinu gætir hafgolu og veturinn er aðalúrkomutíminn.  Í Mið- og Suður-Súdan rignir mest á sumrin.  Sandstormar eru algengir norðanlands en regntíminn stendur yfir í 8-9 mánuði sunnanlands.