Landið hefur verið byggt síðan á forsögulegum tímum og nokkur þúsund grafir á norðurhluta Bahrain-eyju eru líklega frá dögum súmera á þriðju teinöld fyrir Kristsburð.  Þar var hin forna Dilmun (Telmun), rík verzlunarborg, sem tengdi Súmeríu við Indusdalinn fyrir u.þ.b. 4000 árum.  Persneskir, grískir og rómverskir landfræðingar nefndu eyjaklasann í ritum sínum.  Þjóðin hefur verið islömsk síðan á 7. öld, þótt Portúgalar réðu ríkjum á árunum 1521-1602 og Persar frá 1602-1783.  Síðan þá hefur kalífafjölskylda frá Al-Hasa-héraði í Arabíu verið við völd.

Bretar skárust oft í leikinn á Persaflóa á 19. öld til að draga úr sjóránum og bæla niður skærur og einnig til að koma í veg fyrir, að Egyptar, Persar, Þjóðverjar eða Rússar kæmust til áhrifa á svæðinu.  Fyrsti sáttmálinn milli Breta og Bahrainbúa var undirritaður árið 1820, þótt landið yrði ekki að brezku verndarsvæði fyrr en 1861, þegar konungur landsins samþykkti að hætta hernaði, sjóránum og þrælahaldi.  Bretar tóku að sér varnir landsins og utanríkismál.  Árið 1947 varð Bahrain verndarsvæði hins brezka Indlands um tíma vegna viðskipta- og hernaðarlegra hagsmuna Indlands á Persaflóasvæðinu.  Bretar tóku aftur við Bahrain, þegar Indland fékk sjálfstæði.  Íranar héldu uppi kröfum um yfirráð í landinu fram til 1970, en þeim var ætíð hafnað.

Bretar ákváðu að draga sig í hlé og kölluðu allar herdeildir sínar frá landinu árið 1968 og ‘Isa ibn Sulman al’Khalifah, konungur, lýsti yfir sjálfstæði landsins í ágúst 1971.  Vináttusamningur milli Bretlands og Bahrain var undirritaður og ‘Isa konungur var gerður að emir.  Þá gerðist landið aðili að Sameinuðu þjóðunum og Arababandalaginu.

Þegar sjálfstæðið var orðið að veruleika, magnaðist spenna milli shíta-meirihlutans og sunnítastjórnar landsins, einkum eftir byltinguna í Íran árið 1979.  Þessi pólitíska ólga nærðist á hnignandi efnahag vegna lækkunar olíuverðs og samdráttar í olíuframleiðslu, samdráttar í útgjöldum ríkisins og viðvarandi misréttis gagnvart shíta-meirihlutanum.  Hamad konungur, sem tók við völdum að föður sínum látum í marz 1999, leysti fjölda shíta úr fangelsi sama ár til að draga úr spennunni.

Árið 1981 var Bahrain meðal fimm Persaflóaríkja, sem stofnuðu Samstarfsráð Persaflóa (GCC), sem leiddi til frjálslegri viðskipta og nánari efnahags- og hernaðarlegra tengsla milli þessara ríkja.  Í Persaflóastríðinu 1991 opnaði Bahrain hafnir og flugvelli sína fyrir bandamönnum, sem tóku Kúvæt úr höndum Íraka.  Bahrainmenn hafa löngum verið frjálslyndari en Sádiarabar, þótt þeir hafi að mestu fylgt þeirra fordæmi í utanríkismálum.  Bygging hraðbrautarinnar milli Bahrain og Sádi-Arabíu hefur styrkt tengsl landanna og varnarsamband og hefur einnig styrkt löndin efnahagslega og stjórnmálalega.  Bahrain hefur haldið uppi tiltölulega vinsamlegu sambandi við BNA og hefur leyft fimmta flota Bandaríkjanna að hafa aðstöðu í landinu.  Tengsl Írana við shíta í Bahrain, landakröfur þeirra og óánægja vegna veru Bandarískra herskipa á svæðinu hefur valdið stirðu sambandi milli landanna.  Deilurnar milli Bahrain og Qatar vegna Hawar-eyja eru óleystar enn þá.