Indíánar, sem stunduðu grafhaugagerð, settust að við árnar á austuhluta svæðisins í kringum 1500.  Í upphafi 18. aldar bjuggu þar ojibwa- og yanktonai sioux-indíánar.  Vestur reikaði tetonættkvísl sioux um slétturnar.  Meðfram Missouri-ánni voru mandan, arikara og hidatsa sem bjuggu í jarðhýsum og stunduðu akuryrkju.

Landkönnun og landnám.  Fyrstu Evrópumennirnir á þessum slóðum voru í fransk-kanadíska leiðangrinum með Pierre Gaultier de Varennes, sieur de La Vérendrye, sem heimsótti Mandan-þorp í grennd við núverandi Bismarck árið 1738.  Skinnakaupmenn frá verzlunarstöðum hans komu í kjölfarið og verzluðu við indíána við Rauðá alla leið suður að Grand Forks.  Eftir 1790 byggðu Kanadíska norðvesturfélagið og Hudsonflóafélagið verzlunastaði við Rauðá í norður- og norðausturhlutunum.

Norður-Dakota varð eign BNA í Louisiana-kaupunum 1803 en ekki var samið um landamærin við Kanada fyrr en 1818.  Hvítt landnám hófst árið 1812, þegar fólk frá Selkirkbyggðinni í Winnipeg (Kanada) stofnaði nýlendi í Pembina.

Dakotahérað, sem náði yfir núverandi Norður- og Suður-Dakota, Wyoming og Montana, var stofnað 1861.  Þegar stríð brauzt út milli landnemanna og indíána í Minnesota 1862, leituðu margir indíánar skjóls í Dakota en flestum þeirra var síðar komið fyrir á svæðinu vestan Missouri-árinnar.

Járnbrautirnar fluttu landnema að austan eftir 1870, þ.á.m. marga norska og þýzka innflytjendur.  Bonanza jarðaæðið olli svo miklum aðflutningi landnema á árunum 1875 til 1890, að íbúafjöldinn gerði fylkisstofnun kleifa árið 1889.  Harðæri drógu ekki úr fjölgun íbúanna.  Lýðveldisflokkurinn, undir stjórn Alexander McKenzie, réði ríkjum til 1906.

Árið  1917 komst sósíalistaflokkurinn NPL (Non-partisan League) til valda eftir mikil hallæri meðal bænda.  Þá voru reistar ríkisreknar verksmiðjur og Norður-Dakotabanki var stofnaður.  Þessi flokkur missti stjórnartaumana 1921.  Á þriðja áratugnum lækkaði afurðaverð og margir bankar urðu gjaldþrota.  Í heimskreppunni á fjórða áratugnum fluttist mikill fjöldi fólks frá fylkinu.  Sambandsstjórnin varð að grípa í taumana og koma efnahagnum á réttan kjöl.  Í síðari heimsstyrjöldinni blómstraði hann.  Í olíukreppunni á áttunda áratugnum blómstruðu vestræn ríki, sem áttu olíu- og kolabirgðir í jörðu.  Eftir 1960 breyttist stjórnmálaástandið nokkuð, þegar demókrataflokkurinn náði að halda í fylkisstjóraembættið í 20 ár.  Á níunda áratugnum fækkaði íbúum fylkisins og fyrir aldamótin voru íbúarnir færri en þeir voru árið 1920.  Árið 1993 ollu flóð í ánum miklum skaða.