Pulau Waigeo er stærst eyja Raja Ampat-eyjaklasans í Dampier-sundi í Irian Jaya-héraði í Indónesíu.  Hún er 64 km norðvestan Doberai-skagans og handan sundsins frá Irian Jaya (Vestur-Nýju-Gíneu).  Flatarmál hennar er 3100 km², lengdin frá austri til vesturs er 110 km og breiddin 48 km.  Eyjan er næstum klofin af firði og strandlengjan er klettótt og víðast brött.  Miðhlutinn er fjöllóttur og nær 1000 m hæð yfir sjó.  Þar er þykkur regnskógur með harðviði og straumhörðum ám.  Nokkrir hlutar eyjarinnar eru þaktir mannhæðarháu grasi, skógarlundum og furu.  Meðal fuglategunda eyjarinnar er hinn móskulegi paradísarfugl.  Þarna eru líka pokarottur, snákar, skjaldbökur, hegrar og risavaxnar mónitoreðlur.  Loftslagið er heitt og rakt við ströndina en svalara inni á eyjunni.  Landbúnaður er lítið stundaður og mest er ræktað af sagó.  Nokkur nautgriparækt er stunduð og djúpsjávarveiðar eru mikilvægar.  Útflutningurinn byggist á hertum fiski og skeljum skjaldbakna.  Eyjan er strjálbýl og íbúarnir (papúar) tala ástrónesíska tungu.  Aðalbæirnir eru Saonek á syðsta odda vesturhlutans og Wakre suðurodda austurhlutans.  Samgöngur eru á sjó við nærliggjandi eyjar (Batanta, Kofiau og Salawati) og Nýju-Gíneu um höfnina Sorong á norðvesturhorni Irian Jaya.