Aqabaflói teygist inn ur norðastanverðu Rauðahafi og skilur að Sínaí- og Arabíuskagann.  Flóinn er tiltölulega mjór, mest 24 km breiður og 160 km langur.  Hann er hluti sprungikerfis Sigdalsins mikla í Kenja, sem teygist yfir Rauðahafið.  Flóninn tengist Rauðahafi um Tiransund.  Við norðanvert mynni hans eru hafnarborgirnar Al ‘Aqabah (Jórdanía) og Elat (Ísrael).