Eyjarnar mynduðust í eldgosum, sem hófust á sjávarbotni Indlandshafs.  Víða mynda króralrif náttúrlegt skjól fyrir úthafsöldunum og sums staðar eru einhver beztu köfunarsvæði jarðar innan þeirra.  Með ströndum fram eru víðáttumiklar sandstrendur, sem eru aðskildar pálmalundum og fenjatrjám.  Nokkur strandsvæði eru þakin tiltölulega ungum hraunum og önnur eru þakin veðruðum, ávölum klettum, sem minna einnig á eldvirknina.

Eyjan Ngazidja, 1148 km², er stærst og hæst.  Syðst á henni er eldfjallið Karthala (2361m). 

Norðan þess er háslétta (meðalhæð 600m).  Yfirborð eyjarinnar er að mestu hrjúft og grýtt og jarðvegur er þunnur.  Vatnsföll eru engin á yfirborði og ströndin er lítt vogskorin og hafnlaus.  Höfuðborgin Moroni er á suðvesturenda hennar og á norðurströndinni er bærinn Mitsamiouli.

Eyjan Mwali, 290 km², er minnst eyjanna.  Hún er að mestu háslétta í 300 m hæð yfir sjó en hækkar syðst upp í 790 m háan hrygg.  Dalir eyjarinnar eru flestir frjósamir og hlíðar þeirra eru vaxnar þéttum skógum.  Hafnleysi og kröftug úthafsalda valda erfiðleikum í flutningum.  Helztu bæir eyjarinnar eru Fomboni á norðurströndinni og Nioumachoua á suðvesturströndinni.

Eyjan Nzwani, 425 km², er þríhyrnd í lögun og rís hæst um miðju í Ntingui-fjalli (1580m).  Víða er jarðvegur þykkur og góður en mikil eyðing hefur átt sér stað og stór svæði eru óræktanleg.  Með ströndum fram er hafnleysa.  Aðalborgin, Mutsamudu, er á norðvesturströndinni.  Hafnaraðstaða hennar var færð í nútímahorf á níunda áratugi 20. aldar.

Mayotte er suðaustan Nzwani (373 km²).  Hún er elzt eyjanna fjögurra.  Kómóroseyjar gera kröfu til hennar en staða hennar er óleyst og á meðan tilheyrir hún Frakklandi.