Helmingur meginlandshluta landsins er vaxinn skógi.  Hin 18 km langa strönd nær upp að hæðabelti, sem teygjast inn á innslétturnar (mesetas) og þær hækka smám saman í átt að landamærum Gabon.  Í landinu eru nokkrir hæðahryggir.  Miðhryggurinn myndar skilin á milli Benito-árdalsins í norðri og dalsins, sem Utamboni-áin rennur um.  Niefang-Mikomeseng-hryggurinn norðan Benitoárinnar er nokkuð lægri.  Allir þessir hryggir eru hlutar Kristalfjalla í Gabon.  Benitoáin skiptir landinu.  Aðalstefna hennar er frá austri til vesturs og hún er aðeins skipgeng fyrstu 18 km frá sjó.  Norðar myndar Campo-áin hluta af landamærunum að Kamerún.

Sunnantil í landinu er Muni, óshólmasvæði nokkurra vatnsfalla frá Gabon og Miðbaugsgíneu.  Austan losaralegra landamæranna að Gabon bugðast Kjé (Kye)-áin.  Núverandi landamæri fara eftir lengdarbaugnum 11°20’A.  Lítill hluti vatnsorkunnar er nýttur til rafmagnsframleiðslu og einhverjum trjábolum er fleytt niður árnar.  Sendin Strandlengjan er sums staðar skorin lágum klettum í áttina að Kogo í suðri.  Engar náttúrulegar hafnir eru í landinu og Mbini og Kogo eru ekki nægilega góðar hafnir fyrir stór hafskip og umferð er lítil um þær.  Batahöfn hefur verið stækkuð og er ein aðalhöfn landsins.

Strandslétturnar eru þaktar árframburði.  Baklandið er aðallega myndbreytt berg af völdum vatns og vinda og jarðvegur er þar fremur ófrjósamur.  Fyrir ströndum hefur fundizt talsvert af olíu og gasi og nýting er fyrirhuguð.  Gull, mangan, járngrýti og úran er líklega í jörðu og fýsilegt að nýta þessar auðlindir.

Aðaleyja landsins, Bioko, er tæplega 75 km löng og 36 km breið.  Landslag hennar er andstaða meginlandsins, því að hún er þakin óvirkum eldgígum, vötnum og jarðvegurinn er frjósamur.  Nyrzt rís Santa Isabelfjall 3011 m yfir sjó.  Það er útkulnað eldfjall með sjónvarpsmastri á toppi.  Á eyjunni miðri  eru Mocatindur og Mocahæðir, sem ljá landslaginu Alpayfirbragð.  Suðurhlutinn er utan alfaraleiða og lítt nýttur og þróaður.  Þar er hrjúfur og grófur Gran Caldera-fjallgarðurinn með straumþungum ám og stöðuvötnum. Árnar eru að hluta beizlaðar til rafmagnsframleiðslu og talsverður landbúnaður er stundaður á eyjunni.  Víðst eru u.þ.b. 20 m háir hamrar með ströndum fram og fáeinar litlar víkur með sandströndum.  Suðurströndin er mjög brött og hættuleg sæfarendum.  San Antonio de Ureka er afskekktasta byggð landsins.  Malabohöfn er fremur góð og byggð á brún hins sokkna eldfjalls.

Annobóneyja er afskekkt og einangruð, u.þ.b. 154 km suðvestan São Tomé-eyjar og u.þ.b. 600 km suðvestan Biokoeyjar.  Hún er eldfjallaeyja eins og Bioko en lægri og þakin gígum, sem Santa Minafjall (746m) gnæfir yfir.  Eyjan er 6 km löng og 3 km breið og mjög ójöfn.  Þar er aðeins ein alvörubyggð og íbúarnir lifa að mestu á fiskveiðum og tala portúgalskt „patois”.

Bæði á eyjunum og á meginlandinu ríkir hitabeltisloftslag með hita, mikilli úrkomu og skýjuðum himni mestan hluta árs.  Smámismunar gætir milli staða, einkum vegna mismunandi hæðar yfir sjó og nálægðar hafsins.  Regntíminn á meginlandinu er frá febrúar til júní og sept. til desember.  Úrkoman er meiri með ströndinni en inni í landi.  Í Bata er hún 2388 mm á ári, í Calatrave (sunnar) stundum 5500 mm.  Inni í landi, s.s. í Mikomeseng er hún tæplega 1500 mm.  Meðalárshitinn er í kringum 26°C og er fremur stöðugur allt árið.  Hámarkshiti er nokkuð lægri en á Biokoeyju en þar er loftraki meiri.

Loftslagið á Biokoeyju gerir búsetu erfiða.  Hinn svonefndi þurrkatími er frá nóvember til marz og aðra hluta ársins rignir næstum stöðugt.  Meðalárshiti er í kringum 25°C og breytist lítið allt árið.  Síðdegishitinn getur farið í 30°C og á nóttunni fer hann niður í 21°C.  Yfirleitt er skýjað.  Mest rignir í suðurhlutanum vegna monsúnáhrifa, allt að 11.475 mm í kringum San Antonio de Ureca.